En la primavera de 1937, el difunto obispo Edward J. Kelly y sus asesores determinaron que se necesitaba una nueva parroquia en Boise para atender a las 200 familias católicas al oeste de la calle Quince. La única parroquia en ese momento era la Catedral de San Juan. El obispo Kelly creó la nueva parroquia el 1 de mayo de 1937, con el título formal de SANTA MARÍA DE LA INMACULADA CONCEPCIÓN. El obispo dividió la parroquia de la Catedral de San Juan con el límite de la calle Quince. La nueva parroquia se extendía hacia el sur a través del río hasta la frontera del condado de Ada. Incluía la mayor parte de lo que ahora es la parroquia del Sagrado Corazón, todo lo que ahora es la parroquia de San Marcos y gran parte de lo que ahora es la parroquia de los Santos Apóstoles. La primera opción del obispo Kelly para el sitio fue la calle Dieciséis y State, pero un tendero, Joe Albertson, compró el terreno antes de que el obispo pudiera hacerlo. Albertson construyó allí su primera tienda de comestibles.
La nueva iglesia era de estilo inglés antiguo, con dos entradas enfrentadas y con capacidad para 400 personas. Tanto las paredes interiores como las exteriores eran de ladrillo rojo descubierto. Había muchos detalles de madera en todas partes y no tenía sótano. El costo de la nueva iglesia fue de $34,000. El padre JA Jentes fue elegido para servir como el primer pastor de Saint Mary, pero tuvo que renunciar el 25 de octubre de 1937 debido a problemas de salud. El obispo nombró al padre John J. Creegan, más tarde Monseñor (Monseñor) Creegan (1966), para suceder al padre Jentes. Monseñor Creegan fue pastor durante 37 años hasta su muerte en 1974.
La nueva iglesia fue inaugurada el 19 de diciembre de 1937. Una cita del programa de inauguración dice: “La iglesia de Santa María se encuentra terminada, majestuosa y magnífica en su construcción, atractiva y acogedora en su acabado: una gran casa nueva erigida para el honor y la gloria del Rey de Reyes”.
En 1962, el Jubileo de Plata de la parroquia, 500 familias eran miembros de la escuela Saint Mary's. La escuela Saint Mary's, construida en 1948 e inaugurada en 1949, contaba con personal formado por hermanas benedictinas del Priorato de St. Gertrude en Cottonwood, Idaho, y tenía una matrícula de 396 estudiantes.
En 1957, para conmemorar el 20 aniversario de la parroquia, se remodeló y renovó el santuario de la iglesia. En 1962, la instrucción del Vaticano II era que las parroquias movieran el altar para que el sacerdote pudiera estar de cara al pueblo. En 1975, esto se completó junto con la eliminación de la barandilla de la comunión, la instalación de una alfombra nueva y el desván del coro se convirtió en la sala de llanto. Después del Vaticano II, los laicos de St. Mary aceptaron sus responsabilidades en la iglesia como ministros laicos. Hoy continúan sirviendo como ministros eucarísticos, lectores y recepcionistas. El primer consejo parroquial de St. Mary se reunió el 20 de abril de 1967, el primer consejo parroquial en Idaho.
Hoy en día, más de 1200 familias son miembros de la parroquia de Santa María. Más de cincuenta sacerdotes han prestado servicio en Santa María a lo largo de los años y muchas hermanas han trabajado en la parroquia como directoras de la escuela, maestras, coordinadoras de educación religiosa y asistentes pastorales.
Saint Mary's ha trabajado arduamente para ser una comunidad multicultural con una participación vibrante entre (pero no limitada a) todas las partes de la comunidad de habla inglesa y española.
Ya en la década de 1960, los habitantes de St. Mary's eran conscientes de la creciente necesidad de salas de reuniones, baños y un mejor espacio litúrgico en su iglesia. En 1968, Monseñor Creegan nombró un comité de construcción. Durante muchos años, se examinaron diversos planes.
Finalmente, en 2003, tras una serie de reuniones parroquiales, quedó claro que los feligreses estaban de acuerdo en que era necesario algún cambio, pero no querían trasladar el edificio de su iglesia. El plan final era ampliar y renovar la iglesia de Santa María, ofrecer asientos para 700 personas, adaptar la iglesia a las normas del Vaticano II y disponer, por primera vez en 70 años, de baños en funcionamiento.
La iglesia renovada, inaugurada en 2009, es ahora conocida a nivel nacional e internacional por su arte excepcional. La iglesia sigue siendo “un nuevo y grandioso hogar erigido para el honor y la gloria del Rey de reyes” y su madre, María.